据台湾媒体报道，第4天验票作业一开始，高雄“地方法院”就传出蓝绿双方律师“高分贝”的争执，两边的律师为了选举名册和“公投”名册遭到错用应该怎么验，争执不下。蓝绿双方律师对于“公投”和“大选”名册错用的情况，没有办法达成共识，因此法院只好先行搁置超过2万多张的选票，等待“高院”做出裁决。

　　据高雄“地院庭长”杨富强称，名册错用的选票在高雄市超过了2万张，这部分全都搁置并等候“高院”裁决；另外法院也发现有选务单位在投票当天，发现名册错用了，就自己撕下名册的封面，把“公投”名册改为“大选”使用的问题，他表示，这部分也很难处理。
2004年05月13日13:45 中国新闻网

台“高院”昨晚紧急裁定：选票混放改计无效票 
2004年05月13日 

　　中新网5月13日电 台“高院”12日傍晚紧急函文传真全岛各“地方法院”，凡是“大选”票袋全部错放“公投”票，以及选举人名册错置，必须取出“公投”票袋，核对是否装有“大选”选票和选举人名册，并进行勘验；此外，凡是“公投”票袋中有部分“大选”选票、部分“公投”票，则短少的“大选”票一律改计无效票。

　　据台湾媒体报道，台“高院”12日的决定，对这次因“公投绑大选”造成的选票错置争议，不但定出“处理准则”，也明确作出继续验票的决定。

　　据了解，台“高院”发出此函前，已出现类似情况的高雄“地院”已采取封存票箱，暂时不勘验选票。

　　报道说，台湾“大选”验票12日才进入第三天，从台北县市到高(雄)屏(东)县市，都发现“公投”票与“总统”选票错放、“公投”选举人名册与“总统”选举人名册错置情况，衍生重大争议。国亲律师因此紧急前往“高院”递状，声请裁定：凡是在“公投”票袋中找到“总统”选票，应由发现的各地院查扣、封存，然后送交“高院”实质调查。
　　台“高院”12日下午评议，认为有必要针对“公投绑大选”产生的验票争议，另作“补充说明”。并从傍晚开始，陆续以公文传真方式，紧急通知全岛各“地院”。
2004年05月13日 09:16 

第三天验票：选务瑕疵严重 发现百张“幽灵”票 
2004年05月12日  

　　中新网5月12日电 台“大选”验票今日进入第三天，国亲两党表示，选务出现瑕疵的情况比原先预料的要严重，而第三天最严重的情况，是在永和发现的100张投给一号(支持扁吕)的“幽灵”选票。

　　据台湾媒体报道，国民党发言人周守训表示，第三天的验票进行得非常顺利，统计出的争议票和各媒体报道的相去不远，选务瑕疵情况比原先预料的要严重，像是按捺指纹领票，却没有监察员盖章承认，领票印章相似，甚至是用印章背面盖章领票的离谱情形。此外，还有选举人名册不见，选票不见，以及签字领票字迹相近的状况。最严重的是在永和市第718投开票所平空多出了100张的一号“幽灵”票。

　　周守训强调说，国亲基本上全部相信选务人员的公正性，但也不能排除有不肖份子作出不法行为，国亲将“不作任何设想，一切摊在阳光下”，民进党有疑问，去问台“高等法院”，不要质疑在野党。 
2004年05月12日 17:42 

验票第三天：争议票持续增加 国亲累积翻盘能量 
2004年05月12日  

　　中新网5月12日电 针对台湾地区领导人选举的验票作业今日已进入第三天，争议选票持续增加。

　　据台湾媒体的统计，岛内各地验票工作中，发现有争议的选票数持续增加，例如彰化县：根据国亲联盟统计，3天来的争议选票已将近1000张，支持连宋的选票数据说就已打破100张，国亲联盟持续累积翻盘能量。

　　此外，彰化县再度发生整袋无效票遗失的重大缺失，蓝营律师团更发现部分投开票所，有众多选举人只按指印领票，却没有监票人员进行认证的疑云重重，尤其是对一号(支持扁吕)与二号(支持连宋)有效票的差异相当大，国亲方面的代理律师强调，这些都是影响验票最后结果相当重要，也是有待厘清的重点工作。必要时将诉请“高等法院”全面核对领票者指纹。

　　台北市：第二天的验票进度超前，一共完成38万张选票的勘验。第三天的验票区域则选定中正区、内湖区和部分万华区一共30多万张的选票。不过在勘验之前，却发现内湖区出现19袋选票没有弥封，中正区也出现16袋选票没有弥封的疏失情形。

　　另外，鉴于法院还没有准许开放勘验选举人名册，台北市在验票过程中也出现不少选票票数与“领票数”不符合的情况。甚至有的票轨平白多出上百张选票。